中国水科院大兴试验地综合事业管理部代表总公司对基地实行全面综合管理，负责与地方政府交涉，以面向全院服务为宗旨，以基地科研、生产和生活的正常运转为管理准则，在院和总公司领导的关心、支持下，以建立现代化的、一流的科研基地为目的，全面负责并做好基地的对内、对外的各项工作。

  对外树立起基地的良好形象，建立对外宣传的窗口；协调基地与地方、周边单位和区域的关系；各项接待工作；完成好地方及有关部门安排下来的各项工作；对内负责基地的全权管理；对基地内院属房屋、财产和设备进行统一管理、调配；对基地内的基建项目、建设规划和建设工程统一管理；对基地内的基础设施进行维护和管理。