负责与院相关部门密切配合，协助做好基地试验室建设及环境建设、资产管理等工作；负责与地方各部门的联系与协调工作；负责基地水、电、暖安全保卫以及基地试验人员的住宿、餐饮、会议等项后勤服务保障工作。

经营管理部下设大兴基地管理部、延庆基地管理部、水电苑会议中心。